RReportGenerator

La transcriptomique et les puces à cellules transfectées sont devenues des outils de routine dans la recherche contre le cancer. Dû aux grandes quantités de données générées par ces méthodes de criblage à haut débit le besoin en méthodes d’analyse automatique est grandissant. La plate-forme statistique R et des vastes collections des modules supplémentaires sur CRAN et Bioconductor permettent des analyses très puissantes, mais sa syntaxe en ligne de commande rend ce programme assez difficile aux non statisticiens.

RReportGenerator présente un outil convivial permettant de bénéficier de la plate-forme R pour des analyses statistiques automatiques et des taches de routine sans nécessiter des connaissances en langage R. RReportGenerator a été conçu pour effectuer des analyses suivant des scénarios d’analyses prédéfinis (écrites en langange R et Latex) qu’on choisit grâce à l’interface graphique de l’outil (GUI). En résultat, un rapport en format PDF contenant un résumé des résultats de l’analyse avec figures et tableaux est généré de manière automatique et peut être accompagné par des données supplémentaires pour permettre l’utilisation dans d’autres programmes (Excel, etc.). Des exemples montrent des taches d’analyse automatique et de contrôle qualité provenant de la transcriptomique et des puces à cellules transfectées.

En conclusion, RReportGenerator permets d’effectuer des analyses statistique de routine tout en bénéficiant de l’environnement R à travers une interface graphique conviviale qui peut être utilisée facilement par des utilisateurs inexpérimentés.

Le programme RReportGenerator (en version Windows) avec tutorial et exemples est disponible chez Wolfgang