Java

langage de programmation orientée objet.

Disponible en 1.4 pour l'instant sur alnitak et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.

sources internes

• Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java:
  • ProgRunner
    • la Javadoc
    • Petit test
    • Exemple pour faire des clustalw

• Fonctions BioJava utiles
  • Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
  • l'Alignment en Map.
  • Enregistre un alignement en format rsf.

Librairies internes

Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).

ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

liens

site officiel de sun

Biojava