UCSCGenomes

UCSCGenomes concerne beaucoup de choses:

 Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont comptées à partir de 0
 Il y a donc un décalage de 1.

Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données Bird (sous DB2)

On y a accès par

• En mode console
  • setbird
  • bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)
• par webservice
  • on attend l'url de Hoan
• par gscope (la suite est à confirmer par oue)
  • BirdGetFields NM f1,f2,f3
  • Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))
  • NPduNM NM (rend le NP)
  • GenesFromZone Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))
  • LocIn Position Orga Chro Strand
  • LocAfter Position Orga Chro Strand
  • LocBefore Position Orga Chro Strand

Les tables Database

On y trouve refGene.txt knownGene.txt etc.

Les séquences

• Les sequences ADN des chromosomes voir dans
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503

Les banques BLAT

• Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503

• On peut aussi y trouver les banques blast

Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl

Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human Voir AffyAnno pour les infos équivalentes fournies par Affymetrix

LocUcsc

 LocUcsc a été réécrit pour utiliser les données DB2 de Bird

Gscope fournit des fonctions

LocUcsc ListOf Access return la liste des Access

LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only

LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only