Difference between revisions of "Java"
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.] | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.] | ||
| + | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml] | ||
| + | ***[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)] | ||
| + | ***Exemple de fichier XML généré | ||
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Revision as of 12:04, 10 July 2006
langage de programmation orientée objet.
Disponible en 1.4 pour l'instant sur alnitak et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.
sources internes
- Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java:
- Fonctions BioJava utiles
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
- <rsf>
- <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du featuire
eu feature</feature>
<sequence>.AAAALLLVVVVVVVVVVVVVVVVAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLLLIIIIIIIIIIIIIIIIWM</sequence>
</rich_sequence>
- <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequences</comments>
<sequence>AALLLVVVVVVVVVVVVVVVVAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLLLIIIIIIIIIIIIIIIIW</sequence>
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</rsf>
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
