Difference between revisions of "Java"
(→sources internes) |
|||
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | + | Langage de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_orient%C3%A9e_objet programmation orientée objet]. | |
| + | ==Où trouver les fichiers pour l'execution?== | ||
Disponible en 1.4 pour l'instant sur [[alnitak]] et dans "/usr/opt/java141/bin" sur [[beaufort]]. | Disponible en 1.4 pour l'instant sur [[alnitak]] et dans "/usr/opt/java141/bin" sur [[beaufort]]. | ||
Installé sur [[star6]] en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk. | Installé sur [[star6]] en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk. | ||
| + | |||
| + | |||
==sources internes== | ==sources internes== | ||
| − | + | ===Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java=== | |
| − | + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/ProgRunner.htm ProgRunner] | |
| − | + | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/ProgRunnerDoc la Javadoc] | |
| − | + | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/TestProgRunner.htm Petit test] | |
| − | + | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/Clustalw.htm Exemple pour faire des clustalw] | |
| + | |||
| + | ===Fonctions BioJava utiles=== | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentFromFileMSF Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.] | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentMap l'Alignment en Map.] | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.] | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml] | ||
| − | + | **Exemple de fichier XML généré | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> | <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> | ||
| Line 47: | Line 50: | ||
</rsf> | </rsf> | ||
| − | + | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)] | |
==Librairies internes== | ==Librairies internes== | ||
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.<br/> | Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.<br/> | ||
Revision as of 11:39, 17 July 2006
Langage de programmation orientée objet.
Contents
Où trouver les fichiers pour l'execution?
Disponible en 1.4 pour l'instant sur alnitak et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.
sources internes
Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java
Fonctions BioJava utiles
- Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
- l'Alignment en Map.
- Enregistre un alignement en format rsf.
- Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml
- Exemple de fichier XML généré
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
- <rsf>
- <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du
feature</feature>
<sequence>.AAAALLLVVVVVVVVVVVVVVVVAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLLLIIIIIIIIIIIIIIIIWM</sequence>
</rich_sequence>
- <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
<sequence>AALLLVVVVVVVVVVVVVVVVAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLLLIIIIIIIIIIIIIIIIW</sequence>
</rich_sequence>
</rsf>
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
