Difference between revisions of "Java"
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Revision as of 14:16, 24 September 2007
Langage de programmation orientée objet.
Contents
Où trouver les fichiers pour l'execution?
Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé en 1.6 sur les Star, Kilida et Alnitak
A noter qu'une version de java1.5 linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java .
sources internes
Manipuler le format RSF en Java
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
- <rsf>
- <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du
feature</feature>
<sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
</rich_sequence>
- <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
<sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
</rich_sequence>
</rsf>
Fonctions BioJava utiles
- Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
- l'Alignment en Map.
- Enregistre un alignement en format rsf.
Librairies
Jdom (pour manipuler aisément du XML)
JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)
JRI est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.
ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
Grappa Pour générer des graphes de type graphviz
Documentation
Les livres disponibles au laboratoire.
Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java
La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)
Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE
