Difference between revisions of "Java"
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.] | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.] | ||
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==Documentation== | ==Documentation== | ||
| + | [http://java.developpez.com/livres/javaEnfants/ Programmation Java pour les enfants, les parents et les grands-parents], indispensable pour débuter! | ||
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Les [[Bibliothèque interne#java | livres]] disponibles au laboratoire. | Les [[Bibliothèque interne#java | livres]] disponibles au laboratoire. | ||
| − | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre | + | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre tous les secrets de Java!] |
[http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)] | [http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)] | ||
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==Liens== | ==Liens== | ||
[http://java.sun.com/ site officiel de sun] | [http://java.sun.com/ site officiel de sun] | ||
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| + | [[Category:Programmation]] | ||
Latest revision as of 11:05, 9 June 2008
Langage de programmation orientée objet.
Contents
Où trouver les fichiers pour l'execution?
Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé en 1.6 sur les Star, Kilida et Alnitak
A noter qu'une version de java1.5 linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java .
Projets internes liés à Java
sources internes
Manipuler le format RSF en Java
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<rsf>
<rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du
feature</feature>
<sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
</rich_sequence>
<rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
<sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
</rich_sequence>
</rsf>
Fonctions BioJava utiles
- Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
- l'Alignment en Map.
- Enregistre un alignement en format rsf.
Librairies
Jdom (pour manipuler aisément du XML)
JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)
Shell, une API pour lancer des commandes shell en java.
JRI est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.
ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
Grappa Pour générer des graphes de type graphviz
Documentation
Programmation Java pour les enfants, les parents et les grands-parents, indispensable pour débuter!
Les livres disponibles au laboratoire.
Thinking In Java Pour apprendre et comprendre tous les secrets de Java!
La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)
Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE
