gscope_aligne.tcl Annotations

Procedure Detail

AfficheLeNombreDeResidusDansLesDomaines

proc AfficheLeNombreDeResidusDansLesDomaines { FichierMSF FichierBornes }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 441

Alignons

proc Alignons { PourQui {NomATraiter {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1783

AnchorsCoherents

proc AnchorsCoherents { FichierTFA FichierAnchors NomOuFichierBlast {Query {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1982

ConcatAlignments

proc ConcatAlignments { OutFile args }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 102

ConserveLesDomaines

proc ConserveLesDomaines { FichierMSF FichierBornes Ref NouveauFichierMSF }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 393

ConvertToOneHundred

proc ConvertToOneHundred { In Out }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 798

ConvertToOneHundredPourTous

proc ConvertToOneHundredPourTous { {RepIn {}} {RepOut {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 781

CorrectionPourVarsplicDuBlastP

proc CorrectionPourVarsplicDuBlastP { Fichier {Out {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 718

CorrectionPourVarsplicDuBlastPPourTous

proc CorrectionPourVarsplicDuBlastPPourTous {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 708

CreeLaListeLesCopains

proc CreeLaListeLesCopains { FichierOuNom {Source {}} {EvalCommand {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1196

CreeLeMSFduTFAs

proc CreeLeMSFduTFAs { FichierOuTexteTFAs FichierMSF }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 577

CreeLeTFAsDuMSF

proc CreeLeTFAsDuMSF { FichierMSF {AvecGap {}} {SansVide {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 581

DansAlignementPositionAbsolue

proc DansAlignementPositionAbsolue { Pos Access {FichierMsf {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 481

DansAlignementPositionAutreDe

proc DansAlignementPositionAutreDe { RouA Pos Access {FichierMsf {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 489

DansAlignementPositionRelative

proc DansAlignementPositionRelative { Pos Access {FichierMsf {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 485

DbClustal

proc DbClustal { Nom FichierMSF {Source {}} {AvecQuoi {}} {KeepInTFAs {}} {KeepAnchors {}} {KeepLog {}} {Query {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1614

DbClustalEtMacsims

proc DbClustalEtMacsims { FichierTfa {FichierMsf {}} {FichierXml {}} {FichierRsf {}} {FichierLog {}} {Delete {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1749

DbClustalPourTous

proc DbClustalPourTous { {NomATraiter {}} {Source {}} {ChangeQuery {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1379

DecortiqueUnMSF

proc DecortiqueUnMSF { TexteOuFichierMSF {aLesNomsDesSequencesDansLOrdre {}} {aSequences {}} {OutType {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 626

EquivalentDansMSF

proc EquivalentDansMSF { FichierMSF Pos Ref Autre }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 549

EstUnFragment

proc EstUnFragment { BID {Access {}} {DE {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1012

ExecuteMacsim

proc ExecuteMacsim { FichierMsf FichierRsf }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 218

FichierAnchorsPour

proc FichierAnchorsPour { Nom }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 2087

FromDbClustalToLeon

proc FromDbClustalToLeon { Nom }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 774

LectureSegAli

proc LectureSegAli { Access SQ OS SegAli }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 3

LeNombreDeResidusDansLeDomaine

proc LeNombreDeResidusDansLeDomaine { FichierMSF {D -1} {F end} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 464

LeonEtMacsimPourTous

proc LeonEtMacsimPourTous { {Liste {}} {Keep {}} {SqueezeLeon {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 236

LesAccessDuAliInOut

proc LesAccessDuAliInOut { NomOuFichier {InOut All} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 966

LesAccessDuMSF

proc LesAccessDuMSF { TexteOuFichierMSF }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 621

LesCandidatsPourClustalW

proc LesCandidatsPourClustalW { FichierOuNom {Source {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 2253

LesDescriptifsDuBlast

proc LesDescriptifsDuBlast { FichierOuNom {Source {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1068

LesGrosManquants

proc LesGrosManquants {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 127

LesOrganismesImportantsPourDBClustal

proc LesOrganismesImportantsPourDBClustal { {Ask {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 2114

MacsimExiste

proc MacsimExiste {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 123

MAFFT

proc MAFFT { FichierTFAs {FichierMAFFT {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 162

MAFFTPourTous

proc MAFFTPourTous { {RepTFAs {}} {RepMAFFT {}} {Keep {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 140

MsfLeon

proc MsfLeon { Nom {Quoi {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 759

OnAligneTousLesElusDuBlastPPar

proc OnAligneTousLesElusDuBlastPPar { Methode {Value {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1368

OnVireLesMonstresLointains

proc OnVireLesMonstresLointains { {Valeur {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 115

PositionAbsolueDansAlignement

proc PositionAbsolueDansAlignement { Pos {SeqGap {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 512

PositionAutreDe

proc PositionAutreDe { RouA Pos {SeqGap {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 520

PositionDansMSF

proc PositionDansMSF { LoGlo FichierMSF Connu Access }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 554

PositionRelativeDansAlignement

proc PositionRelativeDansAlignement { Pos {SeqGap {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 516

RacineDuPDB

proc RacineDuPDB { Access }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1007

RapportAliInOut

proc RapportAliInOut { Rapport Nom }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 988

Rascal

proc Rascal { FichierOuNom {Destin {}} {Annotate Annotate} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 893

RascalPourTous

proc RascalPourTous { {NomATraiter {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 827

ReordonneLeFichierMSF

proc ReordonneLeFichierMSF { Fichier LesAccess {Nom {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 2305

ReordonneMSF

proc ReordonneMSF { MSF LesAccess {Nom {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 2316

RunDbClustal

proc RunDbClustal { Selection {NomOuFichierBlastP {}} {QuoiFaire {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1865

TailleDesSequencesAAligner

proc TailleDesSequencesAAligner { {Liste {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 352

TailleDuDescriptifDuBlastP

proc TailleDuDescriptifDuBlastP { {Ask {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1017

TailleSortiePourDBClustal

proc TailleSortiePourDBClustal { {Ask {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 2202

Tdbc

proc Tdbc {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 949

TestAnchorsCoherents

proc TestAnchorsCoherents {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1973

TestCreeLaListeLesCopains

proc TestCreeLaListeLesCopains {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1193

TestDecortiqueUnMSF

proc TestDecortiqueUnMSF { FichierMSF }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 610

TestGscopeCroises

proc TestGscopeCroises {  }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 957

TFAsDuBlast

proc TFAsDuBlast { Fichier {Organisme {}} {SeuilExpect {}} {MaxSeq {}} {WithBId {}} {AlreadyTFA {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 1329

UneSequenceDuMSF

proc UneSequenceDuMSF { FichierMSF NomDeLaSequence {NoGap {}} }

Defined in:

gscope_aligne.tcl, line 602