gscope_bigbang.tcl Annotations

Procedure Detail

ACetDRdansTREMBL

proc ACetDRdansTREMBL {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 602

AnalyseLesDbClustal

proc AnalyseLesDbClustal {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 3203

AnalyseLesTBlastN

proc AnalyseLesTBlastN { {BanqueTBlastN {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 3224

Ballast

proc Ballast { FichierBlastP {RepertoireDestination {}} {Query {}} {TexteSansFichier {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 909

BallastUnBlastP

proc BallastUnBlastP { Fichier {RepertoireDestination {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 897

BallastUnPAB

proc BallastUnPAB { Nom {RepertoireDestination {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 883

BlastNPourTous

proc BlastNPourTous { {Banque {}} {NomATraiter {}} {RepQuery {}} {Filtre {}} {NbProc {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1360

BlastParameters

proc BlastParameters { {Rep {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1783

BlastPPourTous

proc BlastPPourTous { {NomATraiter {}} {Banque {}} {AvecPasTouche {}} {Expect {}} {Vparam {}} {Bparam {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1802

BlastXDesTROUsPourTous

proc BlastXDesTROUsPourTous { {NomATraiter {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1555

BlastXPourTous

proc BlastXPourTous { {NomATraiter {}} {Banque {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1698

BootstrapPourTous

proc BootstrapPourTous { {NomATraiter {}} {nBootstraps 1000} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 833

BornesDuPABDUnAutreGenome

proc BornesDuPABDUnAutreGenome { Nom {Genome {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 553

ChangeGenome

proc ChangeGenome { {Genome {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 127

ChargeConfig

proc ChargeConfig { {Force {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2325

ChargeMiniConfig

proc ChargeMiniConfig { {Force {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2345

CompleteLaDataBase

proc CompleteLaDataBase { {BanqueTBlastN {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 3159

CreateurDesPABs

proc CreateurDesPABs { {Dieu {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 571

CreeADNetTDNetRACaPartirDuFichierTFA

proc CreeADNetTDNetRACaPartirDuFichierTFA { Fichier }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2289

CreeCompletTFAavecADN

proc CreeCompletTFAavecADN { {Extension {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2251

CreeFichierMiniConfig

proc CreeFichierMiniConfig { {MiniConfigOrPrefixe {}} {OrfNumbering {}} {CollectionType {}} {OS {}} {OC {}} {OX {}} {RepGen {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2431

CreeLaBase

proc CreeLaBase {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2901

CreeLaBaseOuLaCollection

proc CreeLaBaseOuLaCollection {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2418

CreeLaCollection

proc CreeLaCollection { {CollectionType {}} {SequenceSourceFile {}} {MiniConfig {}} {KeepEntete {}} {CreateNarcisse {}} {ForceAccessFirst {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2597

CreeLeFichierBornesDesPABs

proc CreeLeFichierBornesDesPABs {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1129

CreeLesFichiersNucTFAetNucEMBLAvecBornesDesTRNAsEtADN

proc CreeLesFichiersNucTFAetNucEMBLAvecBornesDesTRNAsEtADN {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2234

CreeLesFichiersNucTFAetProtTFAetNucEMBLetProtEMBL

proc CreeLesFichiersNucTFAetProtTFAetNucEMBLetProtEMBL { Nom Debut Fin Orient {GardeLesExistants 1} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2108

CreeLesFichiersNucTFAetProtTFAetNucEMBLetProtEMBLAvecBornesDesPABsEtADN

proc CreeLesFichiersNucTFAetProtTFAetNucEMBLetProtEMBLAvecBornesDesPABsEtADN {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 2208

DedicatedBlastDatabase

proc DedicatedBlastDatabase { {Rep {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 250

FinPasTouche

proc FinPasTouche { Nom }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 321

FormatDesNumerosPourCollectionDuGenome

proc FormatDesNumerosPourCollectionDuGenome { {Genome {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 448

FormatDesNumerosPourCollectionDuProjet

proc FormatDesNumerosPourCollectionDuProjet { {Projet {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 444

GenomeDu

proc GenomeDu { Nom }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 525

LesNomsGscopeDeLOrganisme

proc LesNomsGscopeDeLOrganisme { Organisme }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 495

LocaliseBlastNDataBase

proc LocaliseBlastNDataBase { {NomDeLaBanque {}} {T {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 204

LocaliseBlastPDataBase

proc LocaliseBlastPDataBase { {Banque {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 260

LocalisePsiBlastPDataBase

proc LocalisePsiBlastPDataBase { {Banque {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 246

LocaliseTBlastNDataBase

proc LocaliseTBlastNDataBase { {NomDeLaBanque {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 200

MonImageDansLaBanque

proc MonImageDansLaBanque { Nom }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 634

Narcisse

proc Narcisse { Nom {OldNewAll {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 643

NarcisseDuFichier

proc NarcisseDuFichier { Fichier {FichierSortie {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 591

NiveauParFamille

proc NiveauParFamille {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 104

NomDeFamille

proc NomDeFamille { Nom }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 79

NotreOC

proc NotreOC { {Valeur {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 10

NotreOS

proc NotreOS { {Valeur {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 3

NotreOX

proc NotreOX { {Valeur {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 20

NotreTaxId

proc NotreTaxId {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 32

OrganismeDuGenome

proc OrganismeDuGenome { Genome }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 469

OuSuisJe

proc OuSuisJe {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 54

PasTouche

proc PasTouche { Nom {Action {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 329

PrefixeDuGenome

proc PrefixeDuGenome { Genome }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 419

PrefixeDuProjet

proc PrefixeDuProjet { Projet }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 415

PsiBlastPPourTous

proc PsiBlastPPourTous { {NomATraiter {}} {PsiBlastPDataBase {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1977

ReadLink

proc ReadLink { Lien {Rep {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 190

RenommePABenABY

proc RenommePABenABY { SousRepertoire }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 865

RepriseDeOldBsuX

proc RepriseDeOldBsuX {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 60

RepriseDeVieuxPABs

proc RepriseDeVieuxPABs { {FichierBornesACreer {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1029

StopAllGscope

proc StopAllGscope { {Action {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 399

TBlastNPourTous

proc TBlastNPourTous { {Banque {}} {Liste {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1236

TBlastXPourTous

proc TBlastXPourTous { {NomATraiter {}} {Banque {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1612

TestPasTouche

proc TestPasTouche {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 325

TRNAscanSE

proc TRNAscanSE {  }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 1198

WhichBanqueTBlastN

proc WhichBanqueTBlastN { {BanqueTBlastN {}} }

Defined in:

gscope_bigbang.tcl, line 36