gscope_liste.tcl Annotations

Procedure Detail

A_Voir_LesBanquesDesEntetesDeFrag

proc A_Voir_LesBanquesDesEntetesDeFrag { FichierFrag {Rep {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 169

AffecteListeDesPABs

proc AffecteListeDesPABs { Liste }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3719

AfficheLesDescriptifs

proc AfficheLesDescriptifs { Source {Ordre MemeOrdre} {QuoiRetourner {}} {LesAccessOrdonnes {}} {LesClefs {}} {NomOrigine {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1278

AfficheLesDescriptifsDuMSF

proc AfficheLesDescriptifsDuMSF { NomOuFichier }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1380

AfficheLesOrthologuesFamiliersDuBlastP

proc AfficheLesOrthologuesFamiliersDuBlastP { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2654

AfficheReordonneMSF

proc AfficheReordonneMSF { MSF {LesAccess {}} {FichierOrigine {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 577

AfficheRognure

proc AfficheRognure { Page Selection Maniere NomDuFichierOrigine {InOut In} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 759

AlignonsLesParalogues

proc AlignonsLesParalogues {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2564

AlphaNum

proc AlphaNum {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2276

AlwaysTrue

proc AlwaysTrue { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3387

Arboot

proc Arboot {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2219

Aujourdhui

proc Aujourdhui {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 547

BlastHitCount

proc BlastHitCount { Nom {Rep {}} {CutPN {}} {MaxListe {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 80

ChampDuDescriptif

proc ChampDuDescriptif { Descriptif Clef }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1577

ChargeLesARNs

proc ChargeLesARNs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3956

ChargeLesGLIMMERs

proc ChargeLesGLIMMERs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 4059

ChargeLesInterGenes

proc ChargeLesInterGenes {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 4090

ChargeLesPABs

proc ChargeLesPABs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3820

ChargeLesTRNAs

proc ChargeLesTRNAs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3860

ChargeLesTROUs

proc ChargeLesTROUs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 4015

ChargeListeDeBoites

proc ChargeListeDeBoites {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3799

ChoisisLeCritere

proc ChoisisLeCritere {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3498

ChoisisUneGrille

proc ChoisisUneGrille { {ChampChoisi {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3268

ChoisisUnTamis

proc ChoisisUnTamis { {ChampChoisi {}} {AvecNewTamis {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3289

ChoixDansLaListe

proc ChoixDansLaListe { Liste {SansRetour {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3224

ChoixDansLaListeFait

proc ChoixDansLaListeFait { Texte }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3209

CouleursDuBleuAuRouge

proc CouleursDuBleuAuRouge { n }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2928

CouleursDuRougeAuBleu

proc CouleursDuRougeAuBleu { n }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2915

CreationDuNalDesGenomesComplets

proc CreationDuNalDesGenomesComplets { {Indesirables {}} {SuppOfficielles {}} {SuppGscope {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2005

CreeLeTasTamis

proc CreeLeTasTamis { {Tam {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3087

CreeStartCodonSummary

proc CreeStartCodonSummary { {Ask {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 974

DecrisLaLigne

proc DecrisLaLigne { W x y {Efface {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1618

DiffBlaAli

proc DiffBlaAli { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 598

DifferentielBlastAlignement

proc DifferentielBlastAlignement { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 867

DifferentielBlastAlignementPourTous

proc DifferentielBlastAlignementPourTous {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 837

DupliqueLaBaseGscope

proc DupliqueLaBaseGscope { {RepDestin {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 397

Echo

proc Echo { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3391

Entier

proc Entier {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2290

EstUnFichierBlastP

proc EstUnFichierBlastP { Fichier }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1157

FeuilleDist

proc FeuilleDist {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2246

FichierBlastPDuPAB

proc FichierBlastPDuPAB { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1797

FichierMiniConfig

proc FichierMiniConfig {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1792

Flottant

proc Flottant {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2255

FromDisphy

proc FromDisphy { NomOuFichier }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 785

FromDisphyOf

proc FromDisphyOf { A B }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 780

FromRef

proc FromRef { Ref Champ }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2775

GardeQueLesMinusculesDesDescriptifs

proc GardeQueLesMinusculesDesDescriptifs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1590

GCContent

proc GCContent { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3053

GCLevel

proc GCLevel { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3048

Hydrophobicities

proc Hydrophobicities { Fichier {DuParalogue {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1259

Hydrophobicity

proc Hydrophobicity { Nom {Quoi nHelices} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1209

IllumineSuivantLesGroupes

proc IllumineSuivantLesGroupes { LesAGs Fenetre }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 557

InformeClassePourTous

proc InformeClassePourTous {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2787

InformeParClonage

proc InformeParClonage { Nom {GenomeOrigine {}} {Champ {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2843

InformeParClonagePourTous

proc InformeParClonagePourTous { {GenomeOrigine {}} {Champ {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2837

InformeParNarcisse

proc InformeParNarcisse { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2822

InformeParNarcissePourTous

proc InformeParNarcissePourTous {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2816

InformePourTous

proc InformePourTous { {Clef {}} {Commande {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2798

LaManierePourAffiche

proc LaManierePourAffiche { TypeDeFichier }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1816

LeDescriptif

proc LeDescriptif { Access {Nom {}} {Texte {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1444

LeDescriptifDuPAB

proc LeDescriptifDuPAB { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1431

LesAccessDuAPN

proc LesAccessDuAPN { NomOuFichier }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 817

LesBanquesDeLaFerme

proc LesBanquesDeLaFerme { Ferme }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 66

LesBanquesDuNal

proc LesBanquesDuNal { Fichier {Rep {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 281

LesChampsInteressantsDeNarcisse

proc LesChampsInteressantsDeNarcisse {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2812

LesDefinitionsRevisitees

proc LesDefinitionsRevisitees {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1802

LesFantomes

proc LesFantomes {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3

LesMetsTropLoin

proc LesMetsTropLoin { {Quoi faux} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1134

LesOrthologuesFamiliersDuBlastP

proc LesOrthologuesFamiliersDuBlastP { {Nom CreateIt} {Quoi All} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2659

LesParaloguesDuBlastP

proc LesParaloguesDuBlastP {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2618

LesParaloguesDuBlastPPourMs

proc LesParaloguesDuBlastPPourMs { {Source {}} {SeuilExpect {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2574

LesParaloguesDuMSF

proc LesParaloguesDuMSF {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2740

LesSeuilsAC

proc LesSeuilsAC { {QueVeutOn {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2994

LesSeuilsCAI

proc LesSeuilsCAI { {QueVeutOn {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3020

LesSeuilsGC

proc LesSeuilsGC { {QueVeutOn {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2973

LesSeuilsMDScore

proc LesSeuilsMDScore { {QueVeutOn SeuilMerci} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2932

LesSeuilsOperonsHomologues

proc LesSeuilsOperonsHomologues { {QueVeutOn {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2952

LeTamis

proc LeTamis { Tam {Commande {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3316

ListeDeBoites

proc ListeDeBoites {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3785

ListeDesARNs

proc ListeDesARNs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3778

ListeDesGLIMMERs

proc ListeDesGLIMMERs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3764

ListeDesJumeauxRepresentatifs

proc ListeDesJumeauxRepresentatifs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3739

ListeDesPABs

proc ListeDesPABs { {NouveauPAB {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3751

ListeDesTRNAs

proc ListeDesTRNAs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3771

ListeDesTROUs

proc ListeDesTROUs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3792

ListEqual

proc ListEqual { A B }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 358

ListsComplement

proc ListsComplement { LesA LesB }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3471

ListsIntersection

proc ListsIntersection { LesA LesB {NoCase {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3451

ListsUnion

proc ListsUnion { LesA LesB }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3446

ListTranspose

proc ListTranspose { LL }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3411

MDScore

proc MDScore { MSFouNom {Force {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1693

MDScoreAvecSelection

proc MDScoreAvecSelection { TexteMSF LesAccess {InOut In} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1657

MDScoreAvecSelectionDuFichier

proc MDScoreAvecSelectionDuFichier { FichierMSF LesAccess {InOut In} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1653

MiseAJourBornesDesPABs

proc MiseAJourBornesDesPABs { NouvelleBorne {ReCharge {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 21

MiseEnPageDuDescriptif

proc MiseEnPageDuDescriptif { Descriptif {LesClefs {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1524

MMm

proc MMm {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 511

MontreSecator

proc MontreSecator { MSF }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 568

MSFSelection

proc MSFSelection { FichierOuTexteMSF LesAccess {InOut In} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 722

NoCo

proc NoCo { Action {No {}} {Co {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3111

NommeEtStockeLeTamis

proc NommeEtStockeLeTamis { Commande }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3253

Normd

proc Normd { MSFouNom {Force {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1689

NormdEnStock

proc NormdEnStock { Nom {Rep {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1664

NormdPourTous

proc NormdPourTous { {Force {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1684

Nouveau_LesBanquesDuNal

proc Nouveau_LesBanquesDuNal { Fichier {Rep {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 225

OldPourcentageDeGenomesCompletsOrthologuesDansDbClustal

proc OldPourcentageDeGenomesCompletsOrthologuesDansDbClustal { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2456

OrgaDuDescriptif

proc OrgaDuDescriptif { Access Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1180

OrganismeDeLaBanqueBlastN

proc OrganismeDeLaBanqueBlastN { {Qui {}} {Quoi {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1956

PhyloBreak

proc PhyloBreak { {Nom LaListeMerci} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2359

PhylumsOrthologues

proc PhylumsOrthologues { {Nom LaListeMerci} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2477

PlaceDuPAB

proc PlaceDuPAB { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 12

PourcentageDeGenomesCompletsOrthologuesDansDbClustal

proc PourcentageDeGenomesCompletsOrthologuesDansDbClustal { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2432

PourcentageDeGenomesCompletsOrthologuesDansTBlastN

proc PourcentageDeGenomesCompletsOrthologuesDansTBlastN { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2408

PourcentageDeStops

proc PourcentageDeStops {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1859

PresentationDesPABs

proc PresentationDesPABs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 55

QuelInterval

proc QuelInterval { Valeur LesBornes LesIntervals }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3041

RapportDuDifferentiel

proc RapportDuDifferentiel { DisBla DisAli {Test AvecDis} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 625

RechargeListeDesPABs

proc RechargeListeDesPABs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3743

ReconsidereLesDifferentiels

proc ReconsidereLesDifferentiels {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 654

RefOfAC

proc RefOfAC { AC }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2911

ReorganiseLesDescriptifs

proc ReorganiseLesDescriptifs { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 937

RetireLesAccessDuMSF

proc RetireLesAccessDuMSF { FichierAvant LesAccess {FichierApres {}} {InOut Out} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 334

SauveLeTamis

proc SauveLeTamis { {Tam {}} {Fichier {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3076

ScanCOV

proc ScanCOV { COV aCritere aOperateur aValeur }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3103

SelectionneCeCritere

proc SelectionneCeCritere { Texte }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3485

SetOptions

proc SetOptions { Liste }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 371

ShineDalgarnoSiNouveauMet

proc ShineDalgarnoSiNouveauMet { Nom {P 0} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1087

ShowDifferentielBlastAlignement

proc ShowDifferentielBlastAlignement { Selection }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 695

SplitLeGrosGenbank

proc SplitLeGrosGenbank { {Fichier {}} {Petit {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 466

StartCodonSummary

proc StartCodonSummary { Nom {Quoi Summary} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1056

StockeLeDescriptif

proc StockeLeDescriptif { Access Texte {PourQui {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1495

TasTamis

proc TasTamis { {Tam {}} {Fichier {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3057

TesteTamis

proc TesteTamis {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3515

TestLesDescriptifs

proc TestLesDescriptifs {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2386

TestListTranspose

proc TestListTranspose {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 3404

TestOrgaDuDescriptif

proc TestOrgaDuDescriptif { Nom1 Nom2 }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1163

TestSetOptions

proc TestSetOptions { A B C D args }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 387

tnal

proc tnal {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1952

Today

proc Today {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 553

Tok

proc Tok { {TexteInitial {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2347

ToutSurLesEntetesDeFrag

proc ToutSurLesEntetesDeFrag { FichierFrag {Rep {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 105

TroisBoots

proc TroisBoots { {Texte {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2195

TSOH

proc TSOH {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2945

ttok

proc ttok { Fonction Fichier }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2183

ValeurBoot

proc ValeurBoot {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2332

ValeurDist

proc ValeurDist {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2321

ValeurFeuille

proc ValeurFeuille {  }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 2306

VerifieLesGenomesCompletsIGBMC

proc VerifieLesGenomesCompletsIGBMC { {Fichier {}} }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 300

VraisParaloguesDe

proc VraisParaloguesDe { Nom }

Defined in:

gscope_liste.tcl, line 1907