gscope_macsims.tcl Annotations

Procedure Detail

AddConservationToMacsims

proc AddConservationToMacsims { {Liste {}} {Destin {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 261

AllAboutMacsim

proc AllAboutMacsim { {Nom {}} {Qui {}} {Quoi {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 382

AllAboutMacsimPourTous

proc AllAboutMacsimPourTous { Fichier {Debut {}} {Fin {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 359

CanvaVirtuel

proc CanvaVirtuel { args }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1444

ClickDansSeq

proc ClickDansSeq { K X Y }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 851

ConvertToMsf

proc ConvertToMsf { {Source {}} {GetWhat {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2516

CouleurDeLaLettre

proc CouleurDeLaLettre { Lettre {PourQui {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 876

CouleurSeqlab

proc CouleurSeqlab { X }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1174

CreateAllHtmlFromXmlMacsim

proc CreateAllHtmlFromXmlMacsim { NomOuFichier {Format {}} {RacineForAll {}} {TitreDeLaPage {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2968

CreateBlastDatabaseWithTfasDesCopains

proc CreateBlastDatabaseWithTfasDesCopains { {CreateLink {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 3

CreateMacsimRsfFromMacsimXml

proc CreateMacsimRsfFromMacsimXml { Nom {Keep {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 243

CreateMacsimRsfFromMacsimXmlPourTous

proc CreateMacsimRsfFromMacsimXmlPourTous { {Keep {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 236

DecortiqueUnMacsimXml

proc DecortiqueUnMacsimXml { FichierOuTexteXML }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 701

DessineMoiLaTaxonomy

proc DessineMoiLaTaxonomy { Source {NomDuFichierOrigine {}} {FenetreParent {}} {LargeurDUneBoite {}} {HauteurDUneBoite {}} {OutLineColor {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1807

DessineMoiLesMSF

proc DessineMoiLesMSF { Selection }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 897

DessineMoiUnMSF

proc DessineMoiUnMSF { TexteOuFichierMSF {NomDuFichierOrigine {}} {OnlyPDB All} {FenetreParent NormalWindow} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 917

DessineMoiUnRSF

proc DessineMoiUnRSF { TexteOuNomOuFichierRSF {NomDuFichierOrigine {}} {FenetreParent {}} {AboutOrder {}} {WithSeq {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1468

DetecteCopainsDoublons

proc DetecteCopainsDoublons {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2142

DifferentColor

proc DifferentColor { {GetWhat {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1779

DoctypeForMacsim

proc DoctypeForMacsim {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2630

DoctypeForOneSpineTarget

proc DoctypeForOneSpineTarget {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 3557

DuRSF

proc DuRSF { TexteOuFichierRSF Quoi }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1256

ElimineLesMacsimsIncomplets

proc ElimineLesMacsimsIncomplets {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 786

EntreDansSeq

proc EntreDansSeq { K X Y }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 861

FeatureSequence

proc FeatureSequence { Seq }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1206

FromMacsim

proc FromMacsim { {Qui {}} {Quoi {}} {Quid {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 477

GetOrderOfAlignment

proc GetOrderOfAlignment { TexteOuNomOuFichierRSF {WhichOne {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1459

GlobalFromLocal

proc GlobalFromLocal { Seq Pos }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 461

GroupEtNonSubgroupDansXml

proc GroupEtNonSubgroupDansXml {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2597

GroupMacsimsAvecFnote

proc GroupMacsimsAvecFnote { {In {}} {Ou {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 285

GscopeID

proc GscopeID { SpineID }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2660

H_JavascriptPourWaliLite

proc H_JavascriptPourWaliLite {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2973

H_StyleDesCouleursColSco

proc H_StyleDesCouleursColSco {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2807

H_StyleDesCouleursFtype

proc H_StyleDesCouleursFtype {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2820

H_StyleDesCouleursSeqlab

proc H_StyleDesCouleursSeqlab {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2813

H_StyleImageTransdot

proc H_StyleImageTransdot {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2797

H_StyleSpanPadding

proc H_StyleSpanPadding {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2802

HtmlFromMsf

proc HtmlFromMsf { NomOuFichier {Format {}} {FichierHtml {}} {TitreDeLaPage {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2926

HtmlFromXmlMacsim

proc HtmlFromXmlMacsim { NomOuFichier {Format {}} {FichierHtml {}} {TitreDeLaPage {}} {RacineForAll {}} {LinkToPipealign {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 3030

JalviewHtml

proc JalviewHtml { FichierMacsim {JalviewJunkdir {}} {JalviewJunkdirUrl {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2412

LaFtableDansLOrdre

proc LaFtableDansLOrdre { NoeudFtable {Quoi {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2900

LaSequenceColoree

proc LaSequenceColoree { Texte {Maniere {}} {Ftable {}} {AvecZones {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2683

LesCouleursSeqlabDesAAs

proc LesCouleursSeqlabDesAAs { AA {Hexa {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2841

LocalFromGlobal

proc LocalFromGlobal { Seq Pos }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 472

Macsims

proc Macsims { FichierMsf {FichierXml {}} {FichierRsf {}} {FichierLog {}} {Delete {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2277

MacsimsFromText

proc MacsimsFromText { TexteMsf }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2267

MacsimsInfo

proc MacsimsInfo { args }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2356

MacsimsOnWeb

proc MacsimsOnWeb { Msf {FichierXml {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2256

MacsimsVariables

proc MacsimsVariables { {Init {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 303

MergeXmlForSpine

proc MergeXmlForSpine { Nom }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 3503

MergeXmlForSpinePourTous

proc MergeXmlForSpinePourTous {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 3497

ReadAllSpineXML

proc ReadAllSpineXML { {Action {}} {Fichier {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 3563

ReglePourAli

proc ReglePourAli { Largeur {Space {}} {Pointeur {}} {Pas {}} {Debut {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2947

ReordonneRsf

proc ReordonneRsf { NomOuFichierRsf LaListe {GetWhat {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2195

RewriteXmlMsaToMacsim

proc RewriteXmlMsaToMacsim { Fichier {FichierSortie {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2646

RewriteXmlMsaToMacsimPourTous

proc RewriteXmlMsaToMacsimPourTous {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2636

RsfFromRsf

proc RsfFromRsf { TexteOuFichierRSF {LesAccess {}} {KeepOrReject {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1263

RsfFromXmlMacsim

proc RsfFromXmlMacsim { NomOuFichier {FichierRsf {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2555

RsfProtXFromRsfNucX

proc RsfProtXFromRsfNucX { Nom }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 105

RunAAM

proc RunAAM {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 348

ShowTarget

proc ShowTarget { Commande }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2613

SiteBips

proc SiteBips {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2592

SortDeSeq

proc SortDeSeq { K X Y }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 871

SpineID

proc SpineID { Nom {Full {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2675

TailleDesTFAsDesCopains

proc TailleDesTFAsDesCopains {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 824

TENRR

proc TENRR { Seq {Frame {}} {Length {}} {Cardinality {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 35

TestDecortiqueUnMacsimXml

proc TestDecortiqueUnMacsimXml { {Quoi {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 329

TestDecortiqueUnRSF

proc TestDecortiqueUnRSF {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 1158

TestFromMacsim

proc TestFromMacsim {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 453

TestMacsimsInfo

proc TestMacsimsInfo {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2343

TestMacsimsOnWeb

proc TestMacsimsOnWeb {  }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2249

TheTrueMacsimsFile

proc TheTrueMacsimsFile { Nom {Preference {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2178

UseExistingJalviewHtml

proc UseExistingJalviewHtml { {Value {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2405

XmlFromRsf

proc XmlFromRsf { NomOuFichier {FichierXml {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2479

XmlFromRsfMacsim

proc XmlFromRsfMacsim { NomOuFichier {FichierXml {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 2475

XMotifsFromRsf

proc XMotifsFromRsf { FileRsf {NewRsf {}} {NbCodons {}} {Cardinality {}} {ColorType {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 168

XMotifsFromRsfXX

proc XMotifsFromRsfXX { FileRsf {Cc {}} }

Defined in:

gscope_macsims.tcl, line 109