gscope_sequence.tcl
| Procedure Summary |
AccessAlternatif { Access } |
AccessDuContigDuFragment { AccessDuFragment } |
AccessDUneLigneBlast { Ligne {Nom {}} } |
AfficheChaqueSegmentDuBlastN { Nom {FichierBlast {}} {Selection {}} } |
AfficheContigComplet { Selection } |
AffichePDB { aPDB } |
AllowIllegalCharactersInTFA { {Valeur {}} } |
AskForNumberingGenbank { } |
BonDNA { Fichier } |
CdsFromNM { ListeDesNM {Organisme {}} } |
ChaqueSegmentDuBlastN { NomOuFichier {SeuilDuBlastN 0.001} {LesVoulus {}} {AvecLaSeq {}} } |
ChroContigTronconOffsetOrganisme { Header } |
CompareLesSequencesDesAccess { A B } |
ComplementNuc { Nuc } |
ConcatLesTFAs { Selection {ButNo ButNo:} } |
ContigComplet { AccessDuFragment } |
ContigEnStock { Access {TFA {}} } |
CorrigeTFA { } |
CreeFichierTFADuGenomePourBanqueBlast { {FichierACreer {}} } |
CreeLaSequenceDeLaZone { K } |
CreeLesDescriptifs_AvecLesCandidatsPouClustalW_PourTous { {Liste {}} } |
CreeLesDescriptifsAvecLeBlast { FichierBlast {PourQui {}} {SeuilExpect {}} {MaxListe {}} } |
CreeLesDescriptifsAvecLeBlastPourTous { {Rep {}} {Keep {}} {SeuilExpect {}} {MaxListe {}} } |
CreeLesDescriptifsAvecLeMSF { FichierMSF {PourQui {}} } |
CreeLesDescriptifsAvecLeMSFPourTous { {Rep {}} } |
CreeLesDescriptifsAvecLeProfileSearch { FichierPFS {PourQui {}} } |
CreeLesDescriptifsAvecLesAccess { lAccess {PourQui {}} {lBanqueId {}} } |
CreeLesDescriptifsPourTous { {Liste {}} } |
CreeLesFichiersPIClustalwEtPSClustalw { {OrgaDeReference {}} {Extension {}} } |
CreeLesPABsAvecGenBank { {Fichier {}} } |
CreeLesPABsAvecUnProteomeDansTFAs { {FichierTFAsDuProteome {}} } |
CreeLesPABsAvecUnProteomeEtADN { {FichierTFAsDuProteome {}} } |
CreeOuTapeTBlastX { Banque } |
CreeTFADeTousLesPABs { } |
CreeTousLesTFAsDesMSFs { {Liste {}} {AvecGap {}} {SousRep {}} } |
CreeTroncons { TFAouGCG {FichierACreer {}} {LongueurChevauchement 10000} } |
DecortiqueGBTags { aOS aOC aSeqADN {Fichier {}} } |
DecortiqueGenBank { aOS aOC aSeqADN {FichierOuListeOuTexte {}} {OffsetADN 0} {OffsetNumero 0} {FichierProt {}} {aXrefs {}} {aDbXrefs {}} } |
DecortiqueGenScan { Prot Exon Quoi {Texte {}} } |
DecortiqueLesGenBank { Fichiers {OffsetNumero 0} } |
DecortiqueLesLignesEMBL { LesLignesEMBL {aID {}} {aAC {}} {aDE {}} {aGN {}} {aOS {}} {aOC {}} {aOX {}} {aSequenceBrute {}} {aLaDETotal {}} {aGNTotal {}} } |
DeDoubleLesSequencesDuTFAs { FichierTFAs {Sortie {}} {Nice {}} } |
DernierPointDeCoupure { LeGscA LeGscB TailleTroncon } |
EMBLdeGscope { Access {ACFirst {}} } |
EMBLduPDB { aPDB {ACFirst {}} } |
EmblInfo { AccessOuTexteOuLesLignesEMBL {K {}} {GetWhat {}} }rR attention il existe aussi une procedure |
EnlevePrefixeBank { l } |
EnteteDuFichierTFA { Fichier {Quoi all} } |
EnteteDuTexteTFA { Texte {Quoi all} } |
EstUnAccessDUneBanqueBlastPDeGscope { Access } |
EstUnAccessPDB { Access } |
EstUnAccUniProt { Access } |
EstUnBonAccess { Access } |
EstUneEnteteTFA { Ligne } |
EstUnFichierTFA { Fichier {OuTFAs {}} } |
EstUnGI { Access } |
EstUnIdSwissProt { Access } |
EstUnIdUniprot { Access } |
EstUnRefseq { Access } |
EstUnUniProt { Access } |
ExploseLeTFAs { FichierTFAs {Dir {}} {Nommage {}} {Ext {}} } |
ExtractPartsFromEMBL { Fichier {I {}} {J {}} } |
ExtractPartsFromGenBank { Fichier {I {}} {J {}} } |
ExtraitGenesDuGlimmer { FichierAdn FichierGlimmer Prefixe Repertoire } |
FastaLineWidth { {W {}} } |
FetchContig { Selection } |
Fetche { Access } |
FichierTfaFromFichierTfaWithoutNumbers { FichierTFA {NouveauFichierTFA {}} } |
FNduLNgcg { N } |
FNduSNgcg { N } |
FOFtoTFAs { FichierDeNomsDeFichier {UseFilename {}} } |
FormatDeLaSequence { Sequence } |
FormatDeLaSequence_l { Sequence } |
FormatDeLaSequenceDuFichier { Fichier } |
FragmentDuFichierTFA { FichierTFA {Debut {}} {Fin {}} {Comment {}} {FichierSortie {}} } |
FromFasta { FichierTFA {FichierGCG {}} } |
FromInfoOfGenBankToEMBL { LesInfosGenBank {OnVeut {}} } |
FusionneLesGenscan { LeGscA LeGscB TailleTroncon } |
GCGtoTFA { TexteGCG {Entete {}} } |
GCGtoTFAPourToutLeRepertoire { } |
GenBankToEMBL { FichierOuListeOuTexte {FichierEMBL {}} } |
GenScan { FichierTFAOuTexte {FichierGSC {}} {TailleTroncon 300000} {TailleOverlap 300000} } |
GenScanEnStock { Access {GSC {}} } |
GenScanEnStockPourTous { {Contig {}} } |
GereLesFragmentsDeLaBanqueBlast { BlastBank } |
Getz { Access args } |
GrosGetz { Fichier } |
HistogrammeDuNombreDesHomologues { {Type homo} } |
IdDuAc { AC } |
IdentiteEtSimilariteDansMSF { FichierMSF {OrgaDeReference {}} } |
InfoEmbl { {Qui {}} {Quoi {}} }rR attention il existe aussi une procedure |
InventaireDesAccessDesMSF { Repertoire } |
LaSequenceConvertieSiOnVeut { LaSequence OnVeutEMBL Access } |
LaSequenceDesBanques { BanqueId {Access {}} {aAccessOK {}} {OnVeutEMBL {}} {NouveauPABCourant {}} } |
LaSequenceDesLignesEMBL { LesEMBL } |
LaSequenceDuFichierEMBL { Fichier } |
LaSequenceDuTexteEMBL { Texte } |
LaSequenceDuTFAs { FichierTFAs AccessDemande {DontMemorize {}} {CarRedon {}} {ForceAccessFirst {}} {AllowDigitOnly {}} } |
LeChampDesLignesEMBL { LesLignes Champ } |
LesAccessEMBLDesLignesEMBL { LesLignes } |
LesAcsDuId { ID } |
LesBornesAvecLesNucEMBL { } |
LesBornesDeGlimmer { {NomNumeroDuDernierExistant {}} {FichierGlimmer {}} } |
LesBornesDuCDS { Texte } |
LesCopains { FichierBlastP FichierSortie } |
LesGenomesComplets { } |
LesGenomesCompletsAuFormat { {Format Court} } |
LesGenomesCompletsPossibles { {Format Court} } |
LesGenomesCompletsPourGlossaire { } |
LesHeadersDeLaBanqueBlast { B {Hr nhr} } |
LesKeywordsInteressantsDuGenbank { TexteOuFichier aTab args } |
LesLongueurs { FichierTFAs } |
LesOrgaDistAccessDesOrthologues { Nom } |
LesProteinesPreditesDuGenscan { AccessOuFichierGSC {Quoi TFA} {Offset 0} } |
LesSubKeywordsInteressantsDuGenbank { TexteOuFichier aTab KW args } |
LNduFNgcg { N } |
LNduSNgcg { N } |
LocaliseLaProteineSurLeGenome { FichierTFA } |
LocaliseLeProteome { FichierTFAsDuProteome {DernierBon {}} } |
Locus { Texte FichierTFA } |
LOFtoTFAs { ListOfFiles {UseFilename {}} } |
MemesSequencesDansFichiersTFA { A B {Pourquoi {}} } |
MemesSequencesDansFichiersTFAPourTous { AutreRep {BonRep {}} } |
MiseAJourDesAccessDuFichierMSF { Fichier {Output {}} } |
MoleculeDuPDB { aPDB } |
MsfToTfa { FichierMsf {FichierTfa {}} } |
NonOverlapingSeqADN { SeqADN {Reset {}} } |
NucToComplementNuc { Seq } |
NucToProtTFA { Sequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} } |
NucToReverseAndComplementNuc { Seq } |
NucToReverseNuc { Seq } |
OffsetEtOrganismeDuFragment { Fragment {NomDeLaBanque {}} } |
OldChroContigTronconOffsetOrganisme { Header } |
OldSequenceFormatTFADuEMBLMultiple { TexteOuFichier {NomDeBapteme {}} } |
OrgaDuFetcheAccess { Access } |
OrganismeCanoniqueDuGenbank { TexteOuFichier } |
OrganismeDuBIdCiteDansNuctfaPourTous { } |
OrganismeDuPDB { TexteOuAccessPDB } |
OrInformeAvecDaedalusHitPourTousganismeDuPABPourTous { {Source {}} } |
OsCanon { Ligne } |
PIetPSdansMSF { FichierMSF A B } |
PlusProcheOrganismeDuBlast { NomOuFichierBlast } |
PlusProcheOrganismeDuBlastPourTous { } |
PlusProcheOrganismeDuNarcissePourTous { } |
PolyLocalise { NomVoulu {Color {}} {Recalcule {}} } |
PossibleNucleotides { } |
PremierAccessCommeJeVeuxDuBlast { TexteOuFichier {Modele {}} {Quoi {}} } |
PremierEMBL { Texte } |
PremierENSP0DuBlast { TexteOuFichier {GetWhat {}} } |
PrepareLesSequencesDesBanques { lBanqueId {lAccess {}} {BanqueBlast {}} } |
ProteinePredite { Nom {Homologue {}} {Write {}} } |
ProteinePreditePourTous { {CommenceIci {}} } |
QueLaSequence { TFA } |
QueLaSequenceADNDuAccessRefseq { Access } |
QueLaSequenceADNDuTexteGenbank { Texte } |
QueLaSequenceDesBanques { BanqueId {Access {}} } |
QueLaSequenceDesBanquesDeLaListe { Liste } |
QueLaSequenceDuAlias { Alias {Rep {}} } |
QueLaSequenceDuEMBL { Fichier } |
QueLaSequenceDuFichierEMBL { Fichier } |
QueLaSequenceDuFichierGenbank { Fichier } |
QueLaSequenceDuFichierTFA { Fichier {MergeTFAs {}} } |
QueLaSequenceDuPAB { Nom {Rep {}} } |
QueLaSequenceDuTexteEMBL { Texte } |
QueLaSequenceDuTexteGenbank { Texte } |
QueLaSequenceDuTexteTFA { Texte {MergeTFAs {}} } |
QueLaSequenceDuTFA { Fichier {MergeTFAs {}} } |
QueLaSequenceDuTFAs { FichierTFAs AccessDemande {DontMemorize {}} {CarRedon {}} {ForceAccessFirst {}} {AllowDigitOnly {}} } |
QueLePremierGCG { Texte } |
QuelMask { Nom {Color {}} } |
QuelMaskPourTous { {Quoi {}} } |
QueryDeLaLigne { LigneQuery {CreateIt {}} {PossiblePAB {}} } |
QueSequenceFormatEMBL { Seq {AvecSQ {}} {AvecReperes {}} } |
QueSequenceFormatEMBL_l { Seq {AvecSQ AvecSQ} } |
QueSequenceFormatEMBLduPAB { Boite {AvecSQ AvecSQ} } |
ReassembleLesTronconsGenscan { LesTronconsGSC TailleTroncon {FichierGSC {}} } |
RenommeLesGbkDeBbur { } |
RepeatMasker { Nom } |
RepeatMaskerDuContigEnStock { Access } |
RepeatMaskerDuTexte { Texte {aRacine {}} } |
RepeatMaskerForAll { } |
RetireUnOrgaDansTFAs { Orga Source Destination } |
rrQuelMask { Nom {Color {}} } |
RunDecortiqueGenBank { {Fichier {}} {Destin {}} } |
RunGenScanEtAffiche { FichierTFAOuTexte } |
RunRepeatMaskerEtAffiche { Texte } |
ScafoldDeCiona { S } |
ScanOS { } |
SembleEtreUnAccessVarsplic { Access } |
SeqNucToSeqPro { SeqNuc } |
Sequence { Access {Alias {}} } |
SequenceADNDesFichiersGenBank { {Rep {}} } |
SequenceDesBanques { args } |
SequenceDesBanquesVite { Access {OnVeutEMBL {}} } |
SequenceFormatBrut { Seq {CarParLigne {}} {DoVerify {}} } |
SequenceFormatBrut_l { Seq } |
SequenceFormatBrutduPAB { Boite } |
SequenceFormatEMBL { Texte {NomDeBapteme {}} {Format {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} } |
SequenceFormatEMBL_l { Liste {NomDeBapteme {}} {Format {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} } |
SequenceFormatEMBLDuFichier { Fichier {NomDeBapteme {}} {Format {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} } |
SequenceFormatEMBLDuFichierTFA { Fichier {NomDeBapteme {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} } |
SequenceFormatGCG { Sequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} } |
SequenceFormatGCGDuFichier { Fichier {NomDeBapteme {}} {Format {}} } |
SequenceFormatTFA { Sequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} {WithoutGapForTFA {}} } |
SequenceFormatTFA_l { LaSequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} {WithoutGap {}} } |
SequenceFormatTFADuEMBLMultiple { FichierOuTexte {NomDeBapteme {}} {Deb {}} {Fin {}} } |
SequenceFormatTFADuFichier { Fichier {NomDeBapteme {}} {Format {}} {WithoutGap {}} } |
SequenceFormatTFADuGenBankMultiple { Fichier {NomDeBapteme {}} {Deb {}} {Fin {}} } |
SequencesDesBanques { Liste {AvecQY {}} } |
SizeOfFilesIn { A B } |
SNduFNgcg { N } |
SNduLNgcg { N } |
SNvsLNgcg { N x } |
TestCdsFromNM { } |
TestChaqueProteineDuTBlastN { Nom } |
TestConcatLesTFAs { } |
TestDecortiqueEMBL { {Fichier {}} } |
TestDecortiqueGenScan { } |
TestEE { } |
TestExtractPartsFromEMBL { } |
TestFusionneLesGenscan { A B TailleTroncon } |
testgz { } |
TestInfoEmbl { } |
TestLaSequenceDesBanques { BanqueId {Access {}} {aAccessOK {}} {OnVeutEMBL {}} {NouveauPABCourant {}} } |
TestLKI { } |
TestLSDT { } |
TestQueLePremierGCG { } |
TestQueSequenceFormatEMBL { } |
TestReassembleLesTronconsGenscan { Contig TailleTroncon } |
TestUnixFileName { } |
TextePDB { aPDB {Quoi {}} {JoinCar { }} {OnTheWeb {}} } |
TexteTfaFromTexteTfaWithoutNumbers { TexteTFA } |
TFADeLaBanqueBlast { Banque Access }rR a enlever si on est sûr qu'il n'y a plus de |
TfaDeLaBanqueBlast { Banque Access } |
TFADuPDB { aPDB {ForceSEQRES {}} } |
TFAsFromAccessList { ListeOuFichier {GetWhat {}} } |
TFAToComplementTFA { TFA {Entete {}} } |
TFAToReverseAndComplementTFA { TFA {Entete {}} } |
TFAToReverseTFA { TFA {Entete {}} } |
tfred { } |
Tgbk { FichierGBK } |
Tgbt { } |
TLSDB { } |
TousLesEMBLtoGCG { {Rep {}} {Dest {}} } |
tp { } |
Transcript { Bornes aSeqADN } |
TrieLesExons { ListeDesExons } |
TrieLesExonsEtPurgeLesOverlaps { ListeDesHomologues } |
TronconneLeFichierTFA { FichierTFA {TailleTroncon 100000} {TailleOverlap 10000} {Working UseSameNameOnTmp} } |
UnixFileName { Banque } |
UnSeulGetz { Texte } |
UseBanqueIdForDbClustal { {Value {}} } |
UseBirdForUniprot { {Value {}} } |
VerifDesCopains { } |
VoisinADNDeLaZone { K } |
WithPDB { Nom } |
ZoneADN { Debut Fin FicTexCon {Orient {}} } |
ZoneADNDuContig { Debut Fin ChroContig {Orient {}} } |
ZoneADNDuFichierTFA { Debut Fin FichierTFA {Orient {}} } |
ZoneADNDuTexteTFA { Debut Fin Texte {Orient {}} } |
| Procedure Detail |
proc AccessAlternatif { Access }
proc AccessDuContigDuFragment { AccessDuFragment }
proc AccessDUneLigneBlast { Ligne {Nom {}} }
proc AfficheChaqueSegmentDuBlastN { Nom {FichierBlast {}} {Selection {}} }
proc AfficheContigComplet { Selection }
proc AffichePDB { aPDB }
proc AllowIllegalCharactersInTFA { {Valeur {}} }
proc AskForNumberingGenbank { }
proc BonDNA { Fichier }
proc CdsFromNM { ListeDesNM {Organisme {}} }
proc ChaqueSegmentDuBlastN { NomOuFichier {SeuilDuBlastN 0.001} {LesVoulus {}} {AvecLaSeq {}} }
proc ChroContigTronconOffsetOrganisme { Header }
proc CompareLesSequencesDesAccess { A B }
proc ComplementNuc { Nuc }
proc ConcatLesTFAs { Selection {ButNo ButNo:} }
proc ContigComplet { AccessDuFragment }
proc ContigEnStock { Access {TFA {}} }
proc CorrigeTFA { }
proc CreeFichierTFADuGenomePourBanqueBlast { {FichierACreer {}} }
proc CreeLaSequenceDeLaZone { K }
proc CreeLesDescriptifs_AvecLesCandidatsPouClustalW_PourTous { {Liste {}} }
proc CreeLesDescriptifsAvecLeBlast { FichierBlast {PourQui {}} {SeuilExpect {}} {MaxListe {}} }
proc CreeLesDescriptifsAvecLeBlastPourTous { {Rep {}} {Keep {}} {SeuilExpect {}} {MaxListe {}} }
proc CreeLesDescriptifsAvecLeMSF { FichierMSF {PourQui {}} }
proc CreeLesDescriptifsAvecLeMSFPourTous { {Rep {}} }
proc CreeLesDescriptifsAvecLeProfileSearch { FichierPFS {PourQui {}} }
proc CreeLesDescriptifsAvecLesAccess { lAccess {PourQui {}} {lBanqueId {}} }
proc CreeLesDescriptifsPourTous { {Liste {}} }
proc CreeLesFichiersPIClustalwEtPSClustalw { {OrgaDeReference {}} {Extension {}} }
proc CreeLesPABsAvecGenBank { {Fichier {}} }
proc CreeLesPABsAvecUnProteomeDansTFAs { {FichierTFAsDuProteome {}} }
proc CreeLesPABsAvecUnProteomeEtADN { {FichierTFAsDuProteome {}} }
proc CreeOuTapeTBlastX { Banque }
proc CreeTFADeTousLesPABs { }
proc CreeTousLesTFAsDesMSFs { {Liste {}} {AvecGap {}} {SousRep {}} }
proc CreeTroncons { TFAouGCG {FichierACreer {}} {LongueurChevauchement 10000} }
proc DecortiqueGBTags { aOS aOC aSeqADN {Fichier {}} }
proc DecortiqueGenBank { aOS aOC aSeqADN {FichierOuListeOuTexte {}} {OffsetADN 0} {OffsetNumero 0} {FichierProt {}} {aXrefs {}} {aDbXrefs {}} }
proc DecortiqueGenScan { Prot Exon Quoi {Texte {}} }
proc DecortiqueLesGenBank { Fichiers {OffsetNumero 0} }
proc DecortiqueLesLignesEMBL { LesLignesEMBL {aID {}} {aAC {}} {aDE {}} {aGN {}} {aOS {}} {aOC {}} {aOX {}} {aSequenceBrute {}} {aLaDETotal {}} {aGNTotal {}} }
proc DeDoubleLesSequencesDuTFAs { FichierTFAs {Sortie {}} {Nice {}} }
proc DernierPointDeCoupure { LeGscA LeGscB TailleTroncon }
proc EMBLdeGscope { Access {ACFirst {}} }
proc EMBLduPDB { aPDB {ACFirst {}} }
proc EmblInfo { AccessOuTexteOuLesLignesEMBL {K {}} {GetWhat {}} }
proc EnlevePrefixeBank { l }
proc EnteteDuFichierTFA { Fichier {Quoi all} }
proc EnteteDuTexteTFA { Texte {Quoi all} }
proc EstUnAccessDUneBanqueBlastPDeGscope { Access }
proc EstUnAccessPDB { Access }
proc EstUnAccUniProt { Access }
proc EstUnBonAccess { Access }
proc EstUneEnteteTFA { Ligne }
proc EstUnFichierTFA { Fichier {OuTFAs {}} }
proc EstUnGI { Access }
proc EstUnIdSwissProt { Access }
proc EstUnIdUniprot { Access }
proc EstUnRefseq { Access }
proc EstUnUniProt { Access }
proc ExploseLeTFAs { FichierTFAs {Dir {}} {Nommage {}} {Ext {}} }
proc ExtractPartsFromEMBL { Fichier {I {}} {J {}} }
proc ExtractPartsFromGenBank { Fichier {I {}} {J {}} }
proc ExtraitGenesDuGlimmer { FichierAdn FichierGlimmer Prefixe Repertoire }
proc FastaLineWidth { {W {}} }
proc FetchContig { Selection }
proc Fetche { Access }
proc FichierTfaFromFichierTfaWithoutNumbers { FichierTFA {NouveauFichierTFA {}} }
proc FNduLNgcg { N }
proc FNduSNgcg { N }
proc FOFtoTFAs { FichierDeNomsDeFichier {UseFilename {}} }
proc FormatDeLaSequence { Sequence }
proc FormatDeLaSequence_l { Sequence }
proc FormatDeLaSequenceDuFichier { Fichier }
proc FragmentDuFichierTFA { FichierTFA {Debut {}} {Fin {}} {Comment {}} {FichierSortie {}} }
proc FromFasta { FichierTFA {FichierGCG {}} }
proc FromInfoOfGenBankToEMBL { LesInfosGenBank {OnVeut {}} }
proc FusionneLesGenscan { LeGscA LeGscB TailleTroncon }
proc GCGtoTFA { TexteGCG {Entete {}} }
proc GCGtoTFAPourToutLeRepertoire { }
proc GenBankToEMBL { FichierOuListeOuTexte {FichierEMBL {}} }
proc GenScan { FichierTFAOuTexte {FichierGSC {}} {TailleTroncon 300000} {TailleOverlap 300000} }
proc GenScanEnStock { Access {GSC {}} }
proc GenScanEnStockPourTous { {Contig {}} }
proc GereLesFragmentsDeLaBanqueBlast { BlastBank }
proc Getz { Access args }
proc GrosGetz { Fichier }
proc HistogrammeDuNombreDesHomologues { {Type homo} }
proc IdDuAc { AC }
proc IdentiteEtSimilariteDansMSF { FichierMSF {OrgaDeReference {}} }
proc InfoEmbl { {Qui {}} {Quoi {}} }
proc InventaireDesAccessDesMSF { Repertoire }
proc LaSequenceConvertieSiOnVeut { LaSequence OnVeutEMBL Access }
proc LaSequenceDesBanques { BanqueId {Access {}} {aAccessOK {}} {OnVeutEMBL {}} {NouveauPABCourant {}} }
proc LaSequenceDesLignesEMBL { LesEMBL }
proc LaSequenceDuFichierEMBL { Fichier }
proc LaSequenceDuTexteEMBL { Texte }
proc LaSequenceDuTFAs { FichierTFAs AccessDemande {DontMemorize {}} {CarRedon {}} {ForceAccessFirst {}} {AllowDigitOnly {}} }
proc LeChampDesLignesEMBL { LesLignes Champ }
proc LesAccessEMBLDesLignesEMBL { LesLignes }
proc LesAcsDuId { ID }
proc LesBornesAvecLesNucEMBL { }
proc LesBornesDeGlimmer { {NomNumeroDuDernierExistant {}} {FichierGlimmer {}} }
proc LesBornesDuCDS { Texte }
proc LesCopains { FichierBlastP FichierSortie }
proc LesGenomesComplets { }
proc LesGenomesCompletsAuFormat { {Format Court} }
proc LesGenomesCompletsPossibles { {Format Court} }
proc LesGenomesCompletsPourGlossaire { }
proc LesHeadersDeLaBanqueBlast { B {Hr nhr} }
proc LesKeywordsInteressantsDuGenbank { TexteOuFichier aTab args }
proc LesLongueurs { FichierTFAs }
proc LesOrgaDistAccessDesOrthologues { Nom }
proc LesProteinesPreditesDuGenscan { AccessOuFichierGSC {Quoi TFA} {Offset 0} }
proc LesSubKeywordsInteressantsDuGenbank { TexteOuFichier aTab KW args }
proc LNduFNgcg { N }
proc LNduSNgcg { N }
proc LocaliseLaProteineSurLeGenome { FichierTFA }
proc LocaliseLeProteome { FichierTFAsDuProteome {DernierBon {}} }
proc Locus { Texte FichierTFA }
proc LOFtoTFAs { ListOfFiles {UseFilename {}} }
proc MemesSequencesDansFichiersTFA { A B {Pourquoi {}} }
proc MemesSequencesDansFichiersTFAPourTous { AutreRep {BonRep {}} }
proc MiseAJourDesAccessDuFichierMSF { Fichier {Output {}} }
proc MoleculeDuPDB { aPDB }
proc MsfToTfa { FichierMsf {FichierTfa {}} }
proc NonOverlapingSeqADN { SeqADN {Reset {}} }
proc NucToComplementNuc { Seq }
proc NucToProtTFA { Sequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} }
proc NucToReverseAndComplementNuc { Seq }
proc NucToReverseNuc { Seq }
proc OffsetEtOrganismeDuFragment { Fragment {NomDeLaBanque {}} }
proc OldChroContigTronconOffsetOrganisme { Header }
proc OldSequenceFormatTFADuEMBLMultiple { TexteOuFichier {NomDeBapteme {}} }
proc OrgaDuFetcheAccess { Access }
proc OrganismeCanoniqueDuGenbank { TexteOuFichier }
proc OrganismeDuBIdCiteDansNuctfaPourTous { }
proc OrganismeDuPDB { TexteOuAccessPDB }
proc OrInformeAvecDaedalusHitPourTousganismeDuPABPourTous { {Source {}} }
proc OsCanon { Ligne }
proc PIetPSdansMSF { FichierMSF A B }
proc PlusProcheOrganismeDuBlast { NomOuFichierBlast }
proc PlusProcheOrganismeDuBlastPourTous { }
proc PlusProcheOrganismeDuNarcissePourTous { }
proc PolyLocalise { NomVoulu {Color {}} {Recalcule {}} }
proc PossibleNucleotides { }
proc PremierAccessCommeJeVeuxDuBlast { TexteOuFichier {Modele {}} {Quoi {}} }
proc PremierEMBL { Texte }
proc PremierENSP0DuBlast { TexteOuFichier {GetWhat {}} }
proc PrepareLesSequencesDesBanques { lBanqueId {lAccess {}} {BanqueBlast {}} }
proc ProteinePredite { Nom {Homologue {}} {Write {}} }
proc ProteinePreditePourTous { {CommenceIci {}} }
proc QueLaSequence { TFA }
proc QueLaSequenceADNDuAccessRefseq { Access }
proc QueLaSequenceADNDuTexteGenbank { Texte }
proc QueLaSequenceDesBanques { BanqueId {Access {}} }
proc QueLaSequenceDesBanquesDeLaListe { Liste }
proc QueLaSequenceDuAlias { Alias {Rep {}} }
proc QueLaSequenceDuEMBL { Fichier }
proc QueLaSequenceDuFichierEMBL { Fichier }
proc QueLaSequenceDuFichierGenbank { Fichier }
proc QueLaSequenceDuFichierTFA { Fichier {MergeTFAs {}} }
proc QueLaSequenceDuPAB { Nom {Rep {}} }
proc QueLaSequenceDuTexteEMBL { Texte }
proc QueLaSequenceDuTexteGenbank { Texte }
proc QueLaSequenceDuTexteTFA { Texte {MergeTFAs {}} }
proc QueLaSequenceDuTFA { Fichier {MergeTFAs {}} }
proc QueLaSequenceDuTFAs { FichierTFAs AccessDemande {DontMemorize {}} {CarRedon {}} {ForceAccessFirst {}} {AllowDigitOnly {}} }
proc QueLePremierGCG { Texte }
proc QuelMask { Nom {Color {}} }
proc QuelMaskPourTous { {Quoi {}} }
proc QueryDeLaLigne { LigneQuery {CreateIt {}} {PossiblePAB {}} }
proc QueSequenceFormatEMBL { Seq {AvecSQ {}} {AvecReperes {}} }
proc QueSequenceFormatEMBL_l { Seq {AvecSQ AvecSQ} }
proc QueSequenceFormatEMBLduPAB { Boite {AvecSQ AvecSQ} }
proc ReassembleLesTronconsGenscan { LesTronconsGSC TailleTroncon {FichierGSC {}} }
proc RenommeLesGbkDeBbur { }
proc RepeatMasker { Nom }
proc RepeatMaskerDuContigEnStock { Access }
proc RepeatMaskerDuTexte { Texte {aRacine {}} }
proc RepeatMaskerForAll { }
proc RetireUnOrgaDansTFAs { Orga Source Destination }
proc rrQuelMask { Nom {Color {}} }
proc RunDecortiqueGenBank { {Fichier {}} {Destin {}} }
proc RunGenScanEtAffiche { FichierTFAOuTexte }
proc RunRepeatMaskerEtAffiche { Texte }
proc ScafoldDeCiona { S }
proc ScanOS { }
proc SembleEtreUnAccessVarsplic { Access }
proc SeqNucToSeqPro { SeqNuc }
proc Sequence { Access {Alias {}} }
proc SequenceADNDesFichiersGenBank { {Rep {}} }
proc SequenceDesBanques { args }
proc SequenceDesBanquesVite { Access {OnVeutEMBL {}} }
proc SequenceFormatBrut { Seq {CarParLigne {}} {DoVerify {}} }
proc SequenceFormatBrut_l { Seq }
proc SequenceFormatBrutduPAB { Boite }
proc SequenceFormatEMBL { Texte {NomDeBapteme {}} {Format {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} }
proc SequenceFormatEMBL_l { Liste {NomDeBapteme {}} {Format {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} }
proc SequenceFormatEMBLDuFichier { Fichier {NomDeBapteme {}} {Format {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} }
proc SequenceFormatEMBLDuFichierTFA { Fichier {NomDeBapteme {}} {AccessAsGN {}} {OsStartsDe {}} {Premiere {}} {ClearSequence {}} }
proc SequenceFormatGCG { Sequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} }
proc SequenceFormatGCGDuFichier { Fichier {NomDeBapteme {}} {Format {}} }
proc SequenceFormatTFA { Sequence {NomDeBapteme {}} {Format {}} {WithoutGapForTFA {}} }
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proc SequenceFormatTFADuEMBLMultiple { FichierOuTexte {NomDeBapteme {}} {Deb {}} {Fin {}} }
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proc SequenceFormatTFADuGenBankMultiple { Fichier {NomDeBapteme {}} {Deb {}} {Fin {}} }
proc SequencesDesBanques { Liste {AvecQY {}} }
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proc TfaDeLaBanqueBlast { Banque Access }
proc TFADuPDB { aPDB {ForceSEQRES {}} }
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proc Transcript { Bornes aSeqADN }
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proc UnixFileName { Banque }
proc UnSeulGetz { Texte }
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proc VerifDesCopains { }
proc VoisinADNDeLaZone { K }
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