#rR gscope_source.tcl
####### gscope_source.tcl source TOUS les fichiers .tcl pour avoir acces a tout Gscope ######
####### On source, dans l'ordre :
#######   SetupPerso Setup Contrib GscopeXxxx GscopeSpecifique Ordali Perso #####
####### Chacun peut avoir son gscoperso/gscope_setup_perso.tcl 

proc Logg args {
    return 
    #rR ne pas utiliser car les droits sont pas bons !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
    set l [open "/home/ripp/log/logg.log" "a"]
    puts $l [join $args " "]
    close $l
    return $args
}

global FichierGscopeVrp            ; set FichierGscopeVrp             "$GscopeDir/gscope_vrp.tcl"
global FichierGscopeOo             ; set FichierGscopeOo              "$GscopeDir/gscope_oo.tcl"
global FichierGscopePassman        ; set FichierGscopePassman         "$GscopeDir/gscope_passman.tcl"
global FichierGscopePipala         ; set FichierGscopePipala          "$GscopeDir/gscope_pipala.tcl"
global FichierGscopePampas         ; set FichierGscopePampas          "$GscopeDir/gscope_pampas.tcl"
global FichierGscopeMisynpat       ; set FichierGscopeMisynpat        "$GscopeDir/gscope_misynpat.tcl"
global FichierGscopeOutsiders      ; set FichierGscopeOutsiders       "$GscopeDir/gscope_outsiders.tcl"
global FichierGscopeTopographe     ; set FichierGscopeTopographe      "$GscopeDir/gscope_topographe.tcl"
global FichierGscopeGo             ; set FichierGscopeGo              "$GscopeDir/gscope_go.tcl"
global FichierGscopeUcsc           ; set FichierGscopeUcsc            "$GscopeDir/gscope_ucsc.tcl"
global FichierGscopeSetup          ; set FichierGscopeSetup           "$GscopeDir/gscope_setup.tcl"
global FichierGscopeBasic          ; set FichierGscopeBasic           "$GscopeDir/gscope_basic.tcl"
global FichierGscopeOutils         ; set FichierGscopeOutils          "$GscopeDir/gscope_outils.tcl"
global FichierGscopeExport         ; set FichierGscopeExport          "$GscopeDir/gscope_export.tcl"
global FichierGscopeUpload         ; set FichierGscopeUpload          "$GscopeDir/gscope_upload.tcl"
global FichierGscopeBird           ; set FichierGscopeBird            "$GscopeDir/gscope_bird.tcl"
global FichierGscopeCanalSql       ; set FichierGscopeCanalSql        "$GscopeDir/gscope_canalsql.tcl"
global FichierGscopeSql            ; set FichierGscopeSql             "$GscopeDir/gscope_sql.tcl"
global FichierGscopeSqlonage       ; set FichierGscopeSqlonage        "$GscopeDir/gscope_sqlonage.tcl"
global FichierGscopeMacsimsql      ; set FichierGscopeMacsimsql       "$GscopeDir/gscope_macsimsql.tcl"
global FichierGscopeLego           ; set FichierGscopeLego            "$GscopeDir/gscope_lego.tcl"
global FichierGscopeRetchip        ; set FichierGscopeRetchip         "$GscopeDir/gscope_retchip.tcl"
global FichierGscopeSelect         ; set FichierGscopeSelect          "$GscopeDir/gscope_select.tcl"
global FichierGscopeBalibase       ; set FichierGscopeBalibase        "$GscopeDir/gscope_balibase.tcl"
global FichierGscopeMacsims        ; set FichierGscopeMacsims         "$GscopeDir/gscope_macsims.tcl"
global FichierGscopeXbgs           ; set FichierGscopeXbgs            "$GscopeDir/gscope_xbgs.tcl"
global FichierGscopeSecator        ; set FichierGscopeSecator         "$GscopeDir/gscope_secator.tcl"
global FichierGscopeDaedalus       ; set FichierGscopeDaedalus        "$GscopeDir/gscope_daedalus.tcl"
global FichierGscopeTaxo           ; set FichierGscopeTaxo            "$GscopeDir/gscope_taxo.tcl"
global FichierGscopeHtml           ; set FichierGscopeHtml            "$GscopeDir/gscope_html.tcl"
global FichierGscopeWebService     ; set FichierGscopeWebService      "$GscopeDir/gscope_webservice.tcl"
global FichierGscopeHDA            ; set FichierGscopeHDA             "$GscopeDir/gscope_hda.tcl"
global FichierGscopeClonage        ; set FichierGscopeClonage         "$GscopeDir/gscope_clonage.tcl"
global FichierGscopeClotools       ; set FichierGscopeClotools        "$GscopeDir/gscope_clotools.tcl"
global FichierGscopeClosig         ; set FichierGscopeClosig          "$GscopeDir/gscope_closig.tcl"
global FichierGscopeOrfs           ; set FichierGscopeOrfs            "$GscopeDir/gscope_orfs.tcl"
global FichierGscopeAligne         ; set FichierGscopeAligne          "$GscopeDir/gscope_aligne.tcl"
global FichierGscopeAliWeb         ; set FichierGscopeAliWeb          "$GscopeDir/gscope_aliweb.tcl"
global FichierGscopeAtelier        ; set FichierGscopeAtelier         "$GscopeDir/gscope_atelier.tcl"
global FichierGscopeSpecific       ; set FichierGscopeSpecific        "$GscopeDir/gscope_specific.tcl"
global FichierGscopeListe          ; set FichierGscopeListe           "$GscopeDir/gscope_liste.tcl"
global FichierGscopeTree           ; set FichierGscopeTree            "$GscopeDir/gscope_tree.tcl"
global FichierGscopeDessins        ; set FichierGscopeDessins         "$GscopeDir/gscope_dessins.tcl"
global FichierGscopeOrdres         ; set FichierGscopeOrdres          "$GscopeDir/gscope_ordres.tcl"
global FichierGscopeHomolog        ; set FichierGscopeHomolog         "$GscopeDir/gscope_homolog.tcl"
global FichierGscopeAffiche        ; set FichierGscopeAffiche         "$GscopeDir/gscope_affiche.tcl"
global FichierGscopeMisc           ; set FichierGscopeMisc            "$GscopeDir/gscope_misc.tcl"
global FichierGscopeCollection     ; set FichierGscopeCollection      "$GscopeDir/gscope_collection.tcl"
global FichierGscopeAful           ; set FichierGscopeAful            "$GscopeDir/gscope_aful.tcl"
global FichierGscopeSequence       ; set FichierGscopeSequence        "$GscopeDir/gscope_sequence.tcl"
global FichierGscopePsy            ; set FichierGscopePsy             "$GscopeDir/gscope_psy.tcl"
global FichierGscopeBigBang        ; set FichierGscopeBigBang         "$GscopeDir/gscope_bigbang.tcl"
global FichierGscopeMath3D         ; set FichierGscopeMath3D          "$GscopeDir/gscope_math3d.tcl"
global FichierGscopeLca            ; set FichierGscopeLca             "$GscopeDir/gscope_lca.tcl"
global FichierGscopeCilio          ; set FichierGscopeCilio           "$GscopeDir/gscope_cilio.tcl"
global FichierGscopeOi             ; set FichierGscopeOi              "$GscopeDir/gscope_oi.tcl"
global FichierGscopeOrthoinspector ; set FichierGscopeOrthoinspector  "$GscopeDir/gscope_orthoinspector.tcl"
global FichierGscopeProjet         ; set FichierGscopeProjet          "$GscopeDir/gscope_projet.tcl"
global FichierGscopeOlymClade      ; set FichierGscopeOlymClade       "$GscopeDir/gscope_olymclade.tcl"
global FichierGscopeBlastomics     ; set FichierGscopeBlastomics      "$GscopeDir/gscope_blastomics.tcl"
global FichierGscopeYeast          ; set FichierGscopeYeast           "$GscopeDir/gscope_yeast.tcl"
global FichierGscopeCirco          ; set FichierGscopeCirco           "$GscopeDir/gscope_circo.tcl"

set GscopeBin "$GscopeDir/bin"
set GscopeEtc "$GscopeDir/etc"

global FichierGscopeImage          ; set FichierGscopeImage           "$GscopeEtc/gscope_image.gif"
global FichierGscopeImage2         ; set FichierGscopeImage2          "$GscopeEtc/gscope_image2.gif"
global FichierGscopeLogoBInG       ; set FichierGscopeLogoBInG        "$GscopeEtc/gscope_sigleBInG_25.gif"
global FichierGscopeExitGscope     ; set FichierGscopeExitGscope      "$GscopeEtc/gscope_exitGscope.gif"
global FichierGscopeVRP            ; set FichierGscopeVRP             "$GscopeEtc/gscope_vrp.vec"
global FichierTranslate            ; set FichierTranslate             "$GscopeEtc/gscope_translate.txt"
global FichierTranslateStop        ; set FichierTranslateStop         "$GscopeEtc/gscope_translate_stop_en_x.txt"
global FichierGlossaire            ; set FichierGlossaire             "$GscopeEtc/gscope_glossaire"
global FichierMiniConfigSansGenome ; set FichierMiniConfigSansGenome  "$GscopeEtc/gscope_miniconfig"
global FichierGscopeHublot         ; set FichierGscopeHublot          "$GscopeEtc/gscope_hublot.gif"

global FichierGscopeHelp           ; set FichierGscopeHelp            "$GscopeDir/help/gscope_help.txt"

global env
#rR il faut enlever le 0 et effacer le fichier pour refaire la liste
if { 0 && ! [file exists "[HomeRipp]/vs/LesFichiersSources.txt"] && [file writable "[HomeRipp]/vs"]} {
    rename ::source ::theRealSource
    global FiSou; set FiSou [open "[HomeRipp]/vs/LesFichiersSources.txt" "w"]
    puts $FiSou "les fichiers source de Gscope"
    proc ::source args {
	global FiSou
	puts $FiSou [join $args " "]
	uplevel 1 ::theRealSource $args
    }
}
source $FichierGscopeSetup      ;#rR on y source en premier le gscoperso/gscope_setup_perso.tcl s'il existe
#rR Contribution a faire avant FichierGscope... ************************************ Contribution 
if {[WithPackage "GscopeContrib"]} {
    global GscopeContrib         ; set GscopeContrib "$GscopeDir/gscope_contrib" 

    foreach Login [list anno brelivet brochetx carles chalmel flausse friedric gagniere gopal hoffer joly julie jmuller \
		       kress lardenoi lecompte leporcq leproult linard luudao mesny moumou perrodou poidevin geoffroy ripp wraff turan] {

#	if {$Login=="moumou"} { continue }
#	if {$Login=="jmuller"} { continue }
	set FichierGscope "FichierGscope$Login"
	global $FichierGscope
	set    $FichierGscope "$GscopeContrib/$Login/gscope_$Login.tcl"
#puts [set $FichierGscope]
	if {[regexp "_obsolete" [set $FichierGscope]]} { continue }
	if {[file exists [set $FichierGscope]]} {
	    source [set $FichierGscope]
	}
    }
}
#rR Fin Contribution ******************************************************************* Fin Contribution

source $FichierGscopeOutils
source $FichierGscopeBasic
source $FichierGscopeExport
source $FichierGscopeTopographe
source $FichierGscopeUcsc
source $FichierGscopeGo
source $FichierGscopeAtelier
source $FichierGscopeSpecific
source $FichierGscopeListe
source $FichierGscopeTree
source $FichierGscopeSequence
source $FichierGscopeAffiche
source $FichierGscopeMisc
source $FichierGscopeCollection
source $FichierGscopeDessins
source $FichierGscopeAligne
source $FichierGscopeOrfs
source $FichierGscopeBigBang
source $FichierGscopeAliWeb
source $FichierGscopePipala
source $FichierGscopePassman
source $FichierGscopeOo
source $FichierGscopeVrp

if { [WithPackage "GscopeSpecifique"]} {
    source $FichierGscopePampas
    source $FichierGscopeMisynpat
    source $FichierGscopeOutsiders
    source $FichierGscopeUpload
    source $FichierGscopeBird
    source $FichierGscopeCanalSql
    source $FichierGscopeSql
    source $FichierGscopeSqlonage
    source $FichierGscopeMacsimsql
    source $FichierGscopeTaxo
    source $FichierGscopeLego
    source $FichierGscopeRetchip
    source $FichierGscopeSelect
    source $FichierGscopeBalibase
    source $FichierGscopeMacsims
    source $FichierGscopeXbgs
    source $FichierGscopeSecator
    source $FichierGscopeDaedalus
    source $FichierGscopeHtml
    source $FichierGscopeWebService
    source $FichierGscopeHDA
    source $FichierGscopeHomolog
    source $FichierGscopeAful
    source $FichierGscopeClonage
    source $FichierGscopeClotools
    source $FichierGscopeClosig
    source $FichierGscopeOrdres
    source $FichierGscopeLca
    source $FichierGscopeCilio
    source $FichierGscopeOi
    source $FichierGscopeOrthoinspector
    source $FichierGscopeProjet
    source $FichierGscopeOlymClade
    source $FichierGscopeBlastomics
    source $FichierGscopeYeast
    source $FichierGscopeCirco
}

if {[WithPackage "Math3D"]} {
    source $FichierGscopeMath3D
}

if {[WithPackage "CafeDesSciences"]} {
    global CafeDesSciencesDir
    if {[info exists env(CAFEDESSCIENCESDIR)]} {
	set CafeDesSciencesDir $env(CAFEDESSCIENCESDIR)
    } else {
	set CafeDesSciencesDir "$GscopeDir/wscope/cafedessciences"
    }
    global FichierGscopeCafeCafe ; set FichierGscopeCafeCafe "$CafeDesSciencesDir/cafe_des_sciences_proc.tcl"
    global FichierGscopeCafeQues ; set FichierGscopeCafeQues "$CafeDesSciencesDir/question_de_science_proc.tcl"
    if {[info exists FichierGscopeCafeCafe] && [file exists $FichierGscopeCafeCafe]} {
	source $FichierGscopeCafeCafe
    }
    if {[info exists FichierGscopeCafeQues] && [file exists $FichierGscopeCafeQues]} {
	source $FichierGscopeCafeQues
    }
}

if {[WithPackage "Ordali"]} {
    global OrdaliDir 
    if { ! [info exists OrdaliDir]} {
	if {[info exists env(ORDALIDIR)]} {
	    set OrdaliDir $env(ORDALIDIR)
	} else {
	    set OrdaliDir "$GscopeDir/ordali"
	}
    }
    global OrdEtcDir ; if { ! [info exists OrdEtcDir]} { set OrdEtcDir "$OrdaliDir/etc"  }
    global OrdHlpDir ; if { ! [info exists OrdHlpDir]} { set OrdHlpDir "$OrdaliDir/doc" }
    global OrdTmpDir ; if { ! [info exists OrdTmpDir]} {
	if {[info exists env(HOME)]} {
	    set OrdTmpDir "$env(HOME)/junkdir"
	} else {
	    set OrdTmpDir "/usr/tmp/junkdir[pid]"
	}
    }

    global FichierOrdaliSource         ; set FichierOrdaliSource          "$OrdaliDir/src/ordali_source.tcl"
    if {[info exists FichierOrdaliSource] && [file exists $FichierOrdaliSource]}  {
	source $FichierOrdaliSource
    }
}

if {[OnTraiteDesClones]} { package require sqlite3 }

if {[OnTraiteRetGene] || [OnTraiteGenoretGenes] || [OnTraiteSpliRet] || [OnTraiteSpliRetMouse] \
	|| [OnTraiteSpliRetRat] || [OnTraite "MTM1"] } {
    WithPackage "Genoret" 1
}

if { [WithPackage "Genoret"]} {
    proc GenoretDir {} {
	global GenoretDir
	if { ! [info exists GenoretDir]} { set GenoretDir "[HomeRipp]/GenoretWww" }
	return $GenoretDir
    }
    set FichierGenoretOutils "[GenoretDir]/genoret_outils.tcl"
    if {[file exists $FichierGenoretOutils]} { source $FichierGenoretOutils }
    set FichierGenoretDatabase "[GenoretDir]/genoret_database.tcl"
    if {[file exists $FichierGenoretDatabase]} { source $FichierGenoretDatabase }
}
#if {[regexp "Bathy2010" [RepertoireDuGenome]]} { source "/home/gagniere/gscoperso/gscope_source.tcl" }


global FichierGscopePerso ; set FichierGscopePerso "gscoperso_non_defini" 
if {[info exists env(HOME)] && [file exists "$env(HOME)/gscoperso/gscope_source.tcl"]} {
    set FichierGscopePerso "$env(HOME)/gscoperso/gscope_source.tcl" 
    if {[file exists $FichierGscopePerso]} { source $FichierGscopePerso }
}

if {[info proc ProgSourceDir]==""} {
    proc ProgSourceDir {} {
	# ProgSourceDir is normaly in gscope.tcl but here it is for CafedesSciences
	global ProgSourceDir
	#    if {[info exists ProgSourceDir] && [file exists $ProgSourceDir]} {return $ProgSourceDir}
	if {[info exists ProgSourceDir]} {return $ProgSourceDir}
	
	set Script [info script]
	
	if {$Script==""} {
	    #	tk_messageBox -message "I cannot find the script directory"
	    set ProgSourceDir "."
	} else {
	    if {[catch {
		while {[file exists $Script] && [file type $Script]=="link"} {
		    set RepScript [file dirname $Script]
		    if {[catch {set Script [file readlink $Script]} Message]} { break }
		    if {[file pathtype $Script]=="relative"} {
			while {[regexp {^\.\./} $Script]} {
			    regsub {^\.\./} $Script "" Script
			    set RepScript [file dirname $RepScript]
			}
			set Script "$RepScript/$Script"
		    }
		}
	    } Message]} {
		#	tk_messageBox -message "Plante avec message \n$Message"
	    }
	    set ProgSourceDir [file dirname $Script]
	    if {[file tail $ProgSourceDir]=="bin"} {
		set Meilleur [file dirname $ProgSourceDir]
		if {[file exists "$Meilleur/gscope_source.tcl"]} {
		    set ProgSourceDir $Meilleur
		}
	    }
	}
	
	global InfoScript ; set InfoScript $Script
	return $ProgSourceDir
    }
}